在竞业限制案件中，申请法院调查令的流程通常包括以下几个步骤：

1. 提交书面申请：当事人或其诉讼代理人需向人民法院提交书面申请，申请书应详细载明被调查人的基本情况、所要调查收集的证据内容、需要由人民法院调查收集证据的原因及其要证明的事实。

2. 申请时间：申请调查令的时间不得迟于举证期限届满前7日。

3. 提供证据线索：申请人需要提供必要的证据线索，并且这些线索应与所需证据有实质联系。

4. 缴纳费用：申请人可能需要缴纳法院收集证据所需的必要费用。

5. 复议机制：如果法院不予准许调查令的申请，当事人或其诉讼代理人可以在收到通知书的次日起3日内向法院书面申请复议一次，法院应在5日内作出答复。

6. 调查令的使用：调查令通常由当事人的代理律师持有，用于向相关单位或个人收集证据。调查令的有效期限由人民法院根据案件具体情况确定，最长为十五个工作日。律师需在有效期限内使用调查令，并且在调查结束后将收集的证据及调查回执提交给人民法院。

在竞业限制纠纷中，如果用人单位认为劳动者违反了竞业限制协议，需要调查收集相关证据，可以依法向人民法院申请调查令。通过法院调查令，可以调查收集如社会保险的缴纳记录、个人所得税的代扣代缴记录等，这些证据可能对证明劳动者是否违反竞业限制协议至关重要。不过，需要注意的是，调查令的申请和使用应严格遵守法律规定，并且在获得法院批准后，按照法院的要求进行调查取证。

此外，根据《关于在民事诉讼和民事执行中实行律师调查令的若干规定》，调查令可用于调查与案件待证事实有关的证据，以及有关被执行人的实际履行能力、利害关系人的财产情况等相关信息。申请调查的证据或财产线索应当明确、具体，调查方法应当具有可操作性。调查令的有效期限一般为十五日，最长不得超过三十日。

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