企业在处理竞业限制纠纷时，可以采取以下步骤：

1. 了解竞业限制协议：首先，企业需要详细了解与员工签订的竞业限制协议的内容，包括协议的范围、期限、地域限制等关键条款。

2. 收集证据：如果员工涉嫌违反竞业限制协议，企业应及时收集相关证据，例如员工的就业记录、产品/服务比较、商业合作记录等，以证明员工的行为违反了竞业限制协议。

3. 与员工沟通：在发现员工可能违反竞业限制协议时，企业应首先与员工进行沟通，了解员工的情况，并尝试解决问题。如果员工承认错误并愿意纠正，企业可以考虑给予员工一定的宽限期或调整协议条款。

4. 协商或调解：如果与员工无法达成一致，企业可以考虑通过协商或调解的方式解决纠纷。这可以包括与员工直接协商，或者寻求第三方调解机构的帮助。

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6. 法律诉讼：如果协商或调解无法解决问题，企业可以考虑通过法律途径解决纠纷。这包括向法院提起诉讼，要求员工承担违约责任，并赔偿企业的损失。

7. 遵守法律程序：在处理竞业限制纠纷时，企业应确保遵守相关的法律程序。例如，在提起诉讼前，企业应确保已经按照合同或法律规定履行了通知义务，并给予了员工合理的回应时间。

8. 寻求专业帮助：如果企业不熟悉竞业限制纠纷的处理流程或法律要求，可以寻求专业律师或法律顾问的帮助。他们可以提供专业的法律意见和建议，帮助企业更好地处理竞业限制纠纷。

总之，企业在处理竞业限制纠纷时应保持冷静、客观的态度，充分了解协议内容和法律规定，并遵循合适的处理流程。通过合理的沟通、协商或法律手段，企业可以更好地保护自己的合法权益。