调查员工是否违反竞业限制协议是一个复杂且敏感的过程，需要确保遵循法律法规，尊重员工的隐私权，并收集充分的证据来支持任何可能的指控。以下是一些建议的调查方法：

1. 合同和社保记录核查：

• 核查员工与新单位签订的劳动合同，以及新单位为员工缴纳的社会保险记录。这些文件可以提供员工是否在其他单位任职的直接证据。

2. 财务和税务记录分析：

• 分析新单位为员工缴纳的个人所得税记录，以及员工在新单位的工资条、银行交易记录等。这些财务记录有助于确认员工的收入来源和是否存在与竞业相关的经济活动。

3. 业务文件和证据收集：

• 收集员工在新单位签订的销售合同、采购合同、技术开发合同等业务文件。这些文件可以证明员工是否从事了与原单位业务相竞争的活动。

4. 公开信息查询：

• 利用互联网和公开数据库查询员工在新单位的相关信息，如在新单位官网、社交媒体、宣传册等上的记载。

5. 证人证言和调查访问：

• 向员工的同事、客户、前同事等人员询问，了解员工是否违反竞业限制协议。但需要注意证人的可信度和证词的真实性。

6. 专业机构协助：

• 聘请专业的律师事务所或调查机构协助调查，确保调查过程的合法性和专业性。

7. 保密协议和调查程序：

• 在调查过程中，确保所有参与人员签署保密协议，防止信息泄露。同时，制定详细的调查程序，确保调查的公正性和客观性。

8. 法律途径：

• 如果初步调查显示员工可能违反了竞业限制协议，可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院申请调查令或提起诉讼。

需要注意的是，任何调查活动都应遵守相关法律法规，尊重员工的合法权益。在收集证据时，要确保证据的合法性和有效性，避免侵犯员工的隐私权或其他合法权益。同时，建议在调查开始前与员工进行沟通，告知调查的目的和程序，以减少不必要的误解和冲突。