聘请第三方公司调查员工是否违反竞业限制的证据，其合法性主要取决于调查手段和方法是否合法合规，以及是否侵犯了员工的合法权益。

首先，任何形式的调查都必须遵守相关法律法规，包括但不限于《劳动法》、《劳动合同法》、《个人信息保护法》等。这意味着调查过程中不能采用非法手段，如窃听、偷拍、非法侵入他人计算机系统等。同时，也不能侵犯员工的个人隐私权和人格尊严。

其次，如果第三方公司在调查过程中获取了员工的个人信息，必须确保这些信息的安全和保密，不得随意泄露或用于其他目的。此外，如果调查涉及到员工的隐私信息，必须事先征得员工的同意或者依法取得相关部门的授权。

最后，需要注意的是，即使第三方公司提供的证据能够证明员工违反了竞业限制，但如果这些证据是通过非法手段获取的，那么在法律上可能不会被认可。因此，在聘请第三方公司进行调查时，企业应当选择具有合法资质、信誉良好且熟悉相关法律法规的机构，并与其签订明确的合同，明确调查的范围、手段和方法，以避免因证据无效而导致法律风险。

总之，聘请第三方公司调查员工违反竞业限制的证据可以是合法的，但必须确保整个调查过程合法合规，不侵犯员工的合法权益，并且获取的证据具有法律效力。