店铺转让协议中的竞业限制条款是否有效，需要根据具体情况进行综合分析。以下是一些可能影响竞业限制条款效力的因素：

1. 协议主体是否适格：竞业限制协议通常只适用于掌握公司商业秘密或其他重要信息的员工或高级管理人员。如果店铺转让协议中的竞业限制条款涉及到的人员并非公司内部的员工或高级管理人员，那么这些条款可能无效。

2. 协议内容是否合法：竞业限制协议的内容必须符合国家法律法规的规定。如果协议中的竞业限制条款违反了相关法律法规的强制性规定，那么这些条款可能无效。

3. 协议期限是否合理：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，竞业限制的期限不得超过两年。如果店铺转让协议中的竞业限制期限超过了两年，那么超出部分可能无效。

4. 是否给予合理补偿：竞业限制协议通常会约定一定的经济补偿，以保障离职后员工的合法权益。如果店铺转让协议中的竞业限制条款未给予离职员工合理的经济补偿，那么这些条款可能无效。

需要注意的是，以上只是可能影响竞业限制条款效力的一些因素，具体情况还需要根据协议的具体内容以及适用的法律法规进行综合分析。如果你遇到了店铺转让协议中竞业限制条款的问题，建议咨询专业律师的意见。