对员工进行竞业限制调查是**合法**的，但必须遵循法律规定和程序。企业可以采取以下步骤进行调查：

1. **明确调查对象**：根据《劳动合同法》第24条，竞业限制适用于高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。企业需要确定调查对象是否符合这些条件。

2. **界定保密义务**：企业应证明员工是否接触过商业秘密或保密信息，因为这直接关系到员工是否需要履行竞业限制义务。

3. **合法获取证据**：如果企业难以直接取得证据，可以通过法院申请调查令或请求法院直接进行调查。

4. **合理约定限制范围**：企业与员工之间可以在劳动合同中约定竞业限制的具体范围，包括行业限制、地域限制等。

5. **保护个人隐私**：在调查过程中，企业应尊重员工的个人隐私权，避免侵犯员工的合法权利。

6. **遵守法律法规**：整个调查过程应严格遵守相关法律法规，确保调查的合法性。

7. **专业法律咨询**：在进行竞业限制调查时，企业可能需要专业法律咨询，以确保所有行动都在法律允许的范围内。

总之，企业在进行竞业限制调查时，应当遵循法律规定，合理合法地收集证据，同时保护员工的合法权益。通过这种方式，企业可以有效地保护自己的商业秘密和竞争优势，同时维护劳动市场的公平竞争环境。