进行员工竞业限制调查时，需要遵循合法、合理和必要原则，同时需要注意以下几个方面：

1. 确认调查目的和范围：在开始调查前，需要明确调查的目的和范围，确保调查内容与工作相关，并且符合法律法规和公司规章制度。

2. 收集证据：可以通过多种方式收集证据，如审查员工的个人履历、查询员工社保记录、工资流水等文件，或者通过调查员工的通信记录、网络活动记录等。需要注意的是，收集证据应当合法、合规，不得侵犯员工的隐私权和其他合法权益。

3. 建立调查程序：需要建立一套合理的调查程序，包括调查方式、调查内容、调查期限等。同时，需要确保程序公平、公正，避免对员工造成不良影响。

4. 遵循法定程序：在调查过程中，需要遵循法定程序，如通知员工、给予员工陈述和申辩的机会等。如果涉及到员工隐私等敏感信息，需要进行脱敏处理。

5. 依法处理结果：根据调查结果，如果发现员工存在竞业限制违规行为，需要进行依法处理，如要求员工承担赔偿责任、解除劳动合同等。

总之，进行员工竞业限制调查时，需要严格遵守法律法规和公司规章制度，确保调查结果客观、公正、合法。同时，还需要注意保护员工的隐私权和其他合法权益。