员工离职后违反竞业限制协议，公司可以采取以下几种方式进行取证：

1. 搜集员工入职新公司的相关证据，例如新公司的劳动合同、社保缴纳记录、工资条等。这些证据可以证明员工已经在新公司工作，并且与原公司存在竞业关系。

2. 调查员工在新公司的工作内容，例如新公司网站、宣传册、广告等载体上的记载，以及员工以新公司员工的名义签订的销售合同、采购合同、技术开发合同、技术合作合同等业务方面的证据。这些证据可以证明员工在新公司所从事的业务与原公司的业务存在竞争关系。

3. 收集员工私下为竞争对手公司服务的证据，例如私下与竞争对手公司签订的合同、电子邮件等。这些证据可以证明员工违反了竞业限制协议，并且为竞争对手公司提供了服务。

4. 委托律师或公证机构进行调查取证，例如向员工发送律师函或公证邮件，要求员工提供相关证明材料。如果员工无法提供相关证明材料或者提供的证明材料存在虚假情况，则可以判断其违反了竞业限制协议。

在进行取证时，需要注意以下几点：

1. 确保取证方式合法合规，不侵犯员工的隐私权等合法权益。

2. 在收集证据时要确保证据的真实性、合法性和关联性。

3. 在调查过程中要保持公正客观的态度，不偏袒任何一方。

4. 在涉及商业秘密等敏感信息时，要做好保密工作，避免信息泄露。

以上是进行员工离职后违反竞业限制协议取证工作的一些常见方式，具体操作还需根据实际情况进行调整。