员工违反竞业协议并跳槽到竞争对手公司，调查证据的方法可以参考以下步骤：

1. 整理文档：需要将竞业协议及其所有附件、员工合同、离职申请、离职交接资料等重要文件进行整理和归档。确保这些文件是完整且准确的，以备后续使用。

2. 了解对手公司：对员工跳槽的竞争对手公司进行调查，以便更好地了解其业务范围、组织结构、与原公司的竞争关系等关键信息。

3. 获取电子数据：获取员工在原公司工作期间的电子数据，包括电脑文件、电子邮件、即时通讯聊天记录等。这些数据可以从公司服务器、员工个人电脑或其他相关设备中获取。

4. 追踪员工活动：例如，寄送快递至竞对公司的地址，或通过问前台、问同事或直接给本人打电话询问员工是否在该公司就职。这些方法可能能间接证明该员工违反了竞业协议。

5. 媒体报道和官方信息：员工跳槽后，如果媒体或对方公司官网有发布其相关信息，可以作为证据。

6. 专业人员跟进：如有可能，可以请专业人员拍摄该员工在竞对公司的活动情况，例如连续一周出现在竞争公司停车场，视频显示他的车有规律的在上下班时间进出办公楼等。

请注意，以上方法仅供参考，并不能完全代替法律手段，如果需要更确切的证据，建议寻求专业的法律咨询或调查服务。