如果公司发现员工违反了竞业协议，以下是一些建议的应对措施：

1. 调查核实：首先，公司需要对员工可能违反竞业协议的行为进行详细的调查。这包括收集相关证据，如员工在离职后的工作记录、社交媒体活动、与竞争对手的交往记录等。通过这些证据，公司可以确认员工是否确实违反了竞业协议。

2. 与员工沟通：一旦确认员工违反了竞业协议，公司应尽快与员工进行面对面的沟通。在沟通过程中，公司可以明确指出员工违反协议的具体内容，并询问其解释或理由。同时，公司也可以提醒员工竞业协议的重要性和法律后果。

3. 要求员工停止违约行为：公司要求员工立即停止一切违反竞业协议的行为，并尽可能恢复到协议规定的状态。这有助于防止损失进一步扩大，并维护公司的商业利益。

4. 采取法律措施：如果员工拒绝停止违约行为或无法与公司达成协商，公司可以考虑采取法律措施。这包括向法院提起诉讼，要求员工承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。同时，公司还可以申请法院颁发禁令，禁止员工继续从事违反竞业协议的活动。

5. 完善内部管理制度：在处理员工违反竞业协议的同时，公司也应反思并完善内部管理制度。例如，公司可以加强对员工的竞业协议培训，提高员工对协议内容的认知和理解；同时，公司也可以优化竞业协议的条款，使其更加明确、合理和有效。

需要注意的是，公司在处理员工违反竞业协议的问题时，应始终遵循法律法规，尊重员工的合法权益。同时，公司也应保持冷静和理性，避免因情绪化处理问题而引发不必要的法律纠纷。