保密协议和竞业限制协议是两种不同的协议，它们之间有一些区别和关系。

区别：

1. 法律性质不同：保密协议是一种法定义务，是根据法律规定或劳动合同的附随义务产生的，要求劳动者保守公司的商业秘密和其他敏感信息。而竞业限制协议是一种约定义务，是基于用人单位与劳动者之间的约定产生的，要求劳动者在离职后一定期限内不得从事与公司业务相竞争的工作或与公司的客户进行业务往来等行为。

2. 适用范围不同：保密协议适用于所有知悉公司商业秘密和其他敏感信息的人员，无论是高层管理人员还是基层员工。而竞业限制协议通常只适用于掌握公司核心商业秘密和高级管理人员，因为这些人员更容易接触到公司的核心机密，对公司的竞争力产生更大的影响。

3. 生效条件不同：保密协议自双方达成意思一致并签字或盖章后生效，不需要支付保密费。而竞业限制协议通常以用人单位向劳动者支付一定的经济补偿金为生效要件，否则协议对劳动者不发生法律效力。

4. 期限不同：保密协议的有效期一般较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在。而竞业限制协议的期限较短，最长不得超过两年。

关系：

虽然保密协议和竞业限制协议是两种不同的协议，但它们之间也存在一定的关系。在实践中，许多公司通常会将保密协议和竞业限制协议合并在一起，形成一份综合性的协议。这是因为保密义务和竞业限制义务往往是相互关联的，保密协议中的商业秘密需要得到竞业限制协议的保护，而竞业限制协议中的限制行为也需要保密协议的支持。

总之，保密协议和竞业限制协议是两种不同的协议，它们之间存在一些区别和关系。在实践中，企业需要根据自身的情况和需求，制定合理的保密和竞业限制策略，以保护公司的核心竞争力和商业利益。