员工违反竞业协议的处理方法如下：

1. 员工违反竞业协议，公司可以要求其支付违约金。违约金的数额通常按照双方依法约定的数额来赔付。如果员工拒不支付，公司可以通过协商、申请调解、或者申请劳动仲裁等合法的方式来处理。

2. 如果员工违反竞业限制约定，给公司造成损失，公司还可以要求其赔偿损失。具体赔偿数额根据实际情况而定，一般由裁判机关根据劳动者掌握商业秘密的程度、离职前月工资标准、任职年限、违反竞业限制义务的持续时间等予以酌定。

3. 如果员工支付了违约金，公司仍认为需要继续履行竞业限制义务的，员工应当继续履行。如果公司认为不需要继续履行的，则员工可以不再继续履行。

总之，处理员工违反竞业协议的情况需要按照相关法律法规和合同约定进行，以维护公司的合法权益。