如果员工违反了竞业限制协议，人力资源部可以通过以下几种方式进行取证：

1. 确认员工是否在竞业限制期限内入职了与原单位有竞争关系的企业。如果员工在竞业限制期限内入职了与原单位有竞争关系的企业，这通常会被视为违反了竞业限制协议。

2. 确认员工是否在竞业限制期限内自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务。如果员工在竞业限制期限内自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务，这也会被视为违反了竞业限制协议。

3. 调查员工在竞业限制期限内是否接触到公司的商业秘密或机密信息，并利用这些信息从事与原单位有竞争关系的工作或业务。

4. 调查员工在竞业限制期限内是否领取了竞业限制经济补偿。如果员工没有领取竞业限制经济补偿，这通常会被视为违反了竞业限制协议。

5. 通过与员工交流并保留相关证据，证明员工承认违反了竞业限制协议。

为了证明员工违反了竞业限制协议，人力资源部需要收集充分的证据来证明员工的违约行为。这些证据可以包括员工入职新企业的证明、员工自己开业的证明、员工接触商业秘密或机密信息的证明等。此外，与员工的交流记录和员工承认违约的录音或文字记录也可以作为证据。

请注意，收集证据的过程必须合法合规，不能侵犯员工的隐私权和合法权益。因此，建议在收集证据前咨询专业律师的意见，以确保取证过程合法有效。