如果公司发现有员工违反了竞业限制协议，可以采取以下措施：

1. 首先需要了解具体情况和该员工的动机。这可以通过与该员工进行沟通、调查等手段实现。

2. 然后公司可以采取沟通协商的方式，了解员工违反竞业限制的原因和动机，向员工解释竞业限制的重要性和目的，并指出其违反规定所带来的后果。

3. 如果沟通协商无果，公司可以提起劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求员工支付经济补偿金或违约金，并要求其继续履行竞业限制义务。

4. 如果公司没有与员工签订竞业限制协议或者协议被认定为无效，公司可以依据《劳动合同法》等相关法律法规进行处理。

需要注意的是，在处理员工违反竞业限制的问题时，公司应该遵守相关法律法规和商业道德规范，确保处理方式的合法性和公正性。同时，为了避免类似情况再次发生，公司应该在签订竞业限制协议时，明确规定协议的内容、范围、期限、补偿标准等条款，并确保协议符合相关法律法规的规定。