当竞业限制员工离职后不配合报备时，公司可以采取以下措施来处理：

一、了解协议内容

首先，公司应详细查阅与员工签订的竞业限制协议，明确其中关于报备的具体规定、时间要求以及违约责任等条款。这有助于公司明确自身的权益和员工的义务。

二、沟通协商

1. 友好提醒：公司可以通过电话、邮件或短信等方式，友好地提醒员工履行报备义务，并说明其重要性。

2. 明确后果：在沟通中，公司应明确告知员工不履行报备义务可能面临的法律后果，包括支付违约金、继续履行竞业限制义务等。

3. 协商解决：如果员工有特殊原因无法及时报备，公司可以与员工协商解决方案，如延长报备期限或采取其他替代方式。

三、法律途径

1. 发送书面通知：如果沟通协商无果，公司可以向员工发送书面通知，要求其在规定时间内履行报备义务。通知中应明确报备的具体内容、时间要求和法律责任。

2. 劳动仲裁或诉讼：如果员工仍不履行报备义务，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，公司应提供充分的证据证明员工违反了竞业限制协议中的报备义务。

四、内部管理

1. 完善协议：为了避免类似情况再次发生，公司应在未来的竞业限制协议中更加明确地规定报备义务和违约责任，并考虑设置一定的违约金或保证金以确保员工履行义务。

2. 加强培训：公司可以加强对员工的法律培训，提高员工对竞业限制协议和报备义务的认识和重视程度。

3. 建立监督机制：公司可以建立内部监督机制，定期检查员工的报备情况，确保竞业限制协议得到有效执行。

五、注意事项

1. 合法合规：公司在处理员工不配合报备的问题时，应始终遵循法律法规的规定，确保自身的行为合法合规。

2. 保护员工权益：在采取任何措施时，公司都应充分考虑员工的合法权益，避免对员工造成不必要的损害。

3. 及时沟通：在处理过程中，公司应保持与员工的沟通畅通，及时了解员工的想法和意见，以便更好地解决问题。

综上所述，当竞业限制员工离职后不配合报备时，公司可以通过沟通协商、法律途径和内部管理等多种方式来处理。在处理过程中，公司应始终遵循法律法规的规定，保护员工的合法权益，并确保竞业限制协议得到有效执行。

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