竞业限制调查取证确实可能存在一定的难度，因为涉及到商业机密和隐私保护等问题。然而，企业仍然可以采取一些措施来应对这种情况，以确保自身的合法权益得到保护。

首先，企业可以在竞业限制协议中明确约定取证的方式和范围，以及违约的后果和责任。这样可以在协议签订之初就明确双方的权利和义务，减少后续取证时的争议和难度。

其次，企业可以加强内部管理和监督，建立完善的商业机密保护机制。例如，可以加强对员工的教育和培训，提高员工的保密意识和法律意识；建立严格的文件管理制度，确保商业机密不被泄露或滥用；加强网络安全保护，防止黑客攻击或数据泄露等事件发生。

此外，企业还可以考虑采取一些技术手段来辅助取证。例如，可以使用电子监控、网络追踪等技术手段来收集证据，或者委托专业的第三方机构进行调查取证。这些技术手段可以在一定程度上提高取证的效率和准确性，但需要注意遵守相关法律法规和道德规范，确保取证行为的合法性和合规性。

最后，企业应该及时寻求法律支持和帮助。如果涉及到法律纠纷或诉讼，企业应该积极与律师沟通合作，寻求专业的法律建议和支持。律师可以帮助企业分析证据、评估风险、制定诉讼策略等，为企业在竞业限制调查取证中提供有力的法律保障。

总之，竞业限制调查取证虽然存在一定的难度，但企业可以通过加强内部管理、采取技术手段、寻求法律支持等方式来应对。在实际操作中，企业需要根据具体情况灵活应对，确保自身的合法权益得到保护。