公司要调查取证员工违反竞业协议，可以从以下几个方面入手：

1. 工商登记信息查询：通过查询工商登记信息，了解员工在新单位的工作内容和性质，与竞业协议中约定的限制进行比对，判断是否违反了协议。

2. 网络搜索和社交媒体调查：通过网络搜索和社交媒体调查，了解员工在离职后的动态，是否有与原单位形成竞争关系的行为，或者在其他方面违反了竞业协议的约定。

3. 快递签收证明：通过收集员工在竞业限制期间的快递签收记录，证明员工是否在原单位规定的竞业限制期限内有过工作活动。

4. 现场调查：通过前往员工新单位进行现场调查，了解员工的工作内容和性质，以及员工是否遵守竞业协议的约定。

5. 证人证言：通过收集证人证言，了解员工在离职后是否有与原单位形成竞争关系的行为，或者在其他方面违反了竞业协议的约定。

总之，公司要调查取证员工违反竞业协议，需要采取多种方式进行综合评估。在取证过程中，应当遵守相关法律法规和规定，确保证据的合法性和有效性。同时，公司也应当注意保护员工的隐私和个人信息，避免侵犯其合法权益。